主要职责是：
（一）履行全民所有土地、矿产、森林、湿地、水、海洋等自然资源资产所有者职责和所有国土空间用途管制职责。贯彻执行国家、省和南通市有关自然资源和国土空间规划及测绘地理信息、林业、海洋等法律法规。制定市级自然资源相关管理规范和技术标准并监督执行。
（二）负责自然资源调查监测评价。贯彻执行自然资源调查监测评价的指标体系和统计标准，实施统一规范的自然资源调查监测评价制度。实施自然资源基础调查、专项调查和监测。负责自然资源调查监测评价成果的监督管理和信息发布。
（三）负责自然资源和不动产统一确权登记工作。组织实施各类自然资源和不动产统一确权登记、权籍调查、不动产测绘、争议调处、成果应用等地方制度、标准、规范。推进全市自然资源和不动产登记信息管理基础平台建设。负责市政府确定的自然资源和不动产确权登记等工作。负责自然资源和不动产登记资料收集、整理、共享、汇交管理等。
（四）负责自然资源资产有偿使用工作。贯彻执行全民所有自然资源资产统计制度，负责全民所有自然资源资产核算。编制全民所有自然资源资产负债表，执行考核标准。贯彻执行全民所有自然资源资产划拨、出让、租赁、作价出资和土地储备政策，合理配置全民所有自然资源资产。负责自然资源资产价值评估管理，依法收缴相关资产收益。
（五）负责自然资源的合理开发利用。拟订全市自然资源发展规划和战略并贯彻执行，制定自然资源开发利用标准并组织实施。建立政府公示自然资源价格体系，组织开展自然资源分等定级价格评估，开展自然资源利用评价考核，指导节约集约利用。负责自然资源市场监管。组织研究自然资源管理涉及宏观调控、区域协调和城乡统筹的政策措施。
（六）负责建立空间规划体系并监督实施。推进落实主体功能区战略和制度，组织编制并监督实施国土空间规划、详细规划和涉及国土空间的各类专项规划。负责开展城市与地区发展战略规划和国土空间规划的研究工作，负责区域规划的协调，建立全市统一、协调的国土空间规划体系。负责审核、上报各类国土空间规划。牵头城镇规划区域内重大项目的可行性研究规划论证工作。负责全市乡村规划工作。
（七）负责国土空间开发适宜性评价。开展国土空间开发适宜性评价，建立国土空间规划实施监测、评估和预警体系。组织划定生态保护红线、永久基本农田、城镇开发边界等控制线，构建节约资源和保护环境的生产、生活、生态空间布局。
（八）负责城市规划区内的土地征收、国有土地使用权划拨、出让、转让的规划管理工作。提出城市规划区内建设项目（含临时建设项目）的用地规划条件。负责城市规划区内需报市级层面决策的重大建（构）筑物建设项目（含临时建设项目）的设计方案的优化和审核。
（九）负责市政与交通建设的空间规划编制和管理。制定市政与交通建设涉及的空间规划政策、标准、规范，组织编制有关市政、交通等专项空间规划，负责对涉及空间开发利用的市政、交通规划进行综合平衡，统筹市政与交通设施对空间资源利用的需求。负责城市地下空间开发利用的规划管理工作。
（十）负责历史文化名城保护规划编制和管理。负责全市历史文化名城、名镇、名村保护规划及其专项规划的审查、报批工作，承担全市历史文化名城、名镇、名村保护规划编制以及历史文化街区、历史建筑和传统风貌建筑保护的规划管理和规划统筹工作。负责全市风景名胜区的管理工作。
（十一）负责国土空间用途管制。贯彻落实国土空间用途管制制度，拟订城乡规划政策并监督实施。组织拟订并实施土地、海洋等自然资源年度利用计划。负责土地、海域、海岛等国土空间用途转用工作。负责土地征收征用管理。
（十二）负责统筹国土空间生态修复。牵头组织编制国土空间生态修复规划并实施有关生态修复重要工程。负责实施国土空间综合整治、土地整理复垦、矿山地质环境恢复治理、海洋生态、海域海岸带和海岛修复等工作。牵头实施生态保护补偿制度，制定合理利用社会资金进行生态修复的政策措施，提出备选项目。
（十三）负责组织实施最严格的耕地保护制度。牵头拟订并组织实施耕地保护政策，负责耕地数量、质量、生态保护。组织实施耕地保护责任目标考核和永久基本农田特殊保护。落实耕地占补平衡制度，监督占用耕地补偿制度执行情况。
（十四）负责监督管理全市林业及其生态保护修复工作。拟订林业及其生态保护修复的政策、规划、标准并组织实施。组织开展森林、湿地、陆生野生动植物资源动态监测与评价。组织开展全市植树造林工作。分类指导公益林和商品林的培育。指导监督全民义务植树、城乡绿化工作。指导林业有害生物防治、检疫监管工作。承担林业应对气候变化相关工作。监督指导林业项目管理、科学研究、成果转化和技术推广，推动林业产业发展。负责推进全市林业改革相关工作。
（十五）负责监督管理全市森林、湿地、陆生野生动植物资源。组织编制并监督执行全市森林采伐限额。负责林地、公益林管理，拟订全市林地保护利用规划并组织实施。负责全市湿地生态保护修复工作，贯彻执行湿地保护规划和相关地方标准，监督管理湿地的开发利用。负责监督管理全市自然保护地，按规定提出新建、调整自然保护地的审核建议并按程序报批。负责生物多样性保护工作。负责林木种苗管理工作，管理全市林木种苗、草种生产经营行为，监管林木种苗、草种质量、林业生物种质资源、植物新品种保护等。
（十六）负责组织实施海洋规划和发展海洋经济。贯彻执行海洋发展战略。会同有关部门拟订海洋经济发展、海岸带综合保护利用等规划和政策并监督实施。统筹协调沿海滩涂围垦开发管理工作。负责海洋经济运行监测评估工作。
（十七）负责海洋开发利用和保护的监督管理工作。负责海域使用和海岛保护利用管理。制定海域、海岛保护利用规划并监督实施。负责海洋观测预报、预警监测和减灾工作，参与重大海洋灾害应急处置。
（十八）负责地质和矿产资源管理工作。组织编制地质勘查规划并监督检查执行情况。统一管理公益性地质调查，依法实施地质勘查行业管理和地勘成果管理。负责地质灾害预防和治理，监督管理地下水过量开采及引发的地面沉降等地质问题。负责古生物化石的监督管理。负责矿产资源储量及压覆矿产资源管理。负责矿业权管理。会同有关部门实施保护性开采的特定矿种、优势矿产的调控及相关管理工作。监督指导矿产资源合理利用和保护。
（十九）负责落实综合防灾减灾规划相关要求，组织编制全市森林火灾、地质灾害防治规划和地方防护标准并指导实施。指导开展防火巡护、火源管理、防火设施建设等工作。组织指导协调和监督地质灾害调查评价及隐患的普查、详查、排查。组织指导开展宣传教育、群测群防、专业监测、预报预警和督促检查等工作。指导开展地质灾害工程治理工作。承担地质灾害应急救援的技术支撑工作。
（二十）负责测绘地理信息管理工作。负责全市基础测绘和测绘行业管理。负责测绘资质资格与信用管理，监督管理地理信息安全和市场秩序。负责地理信息公共服务管理。负责城市规划、林业、海洋等专业地理信息系统和城市地下管线信息系统的建设、管理工作。负责测量标志保护。
（二十一）推动自然资源领域科技发展。制定并实施全市自然资源领域科技创新发展、人才培养规划和计划。组织实施自然资源领域技术标准、规程规范。组织实施自然资源领域重要科技工程及创新能力建设，推进自然资源信息化和信息资料的公共服务。
（二十二）组织开展自然资源领域对外交流合作。配合开展维护国家海洋权益、湿地国际公约履约相关工作。
（二十三）根据市委、市政府授权，对区镇落实自然资源和国土空间规划的方针政策、决策部署及法律法规执行情况进行监督检查。负责自然资源开发利用、国土空间规划和测绘违法案件查处及执法队伍管理等工作。负责全市违法建设认定、建设项目批后监管。
（二十四）完成市委、市政府交办的其他任务。
（二十五）职能转变。贯彻落实统一行使全民所有自然资源资产所有者职责，统一行使所有国土空间用途管制和生态保护修复职责的要求，强化制度设计，发挥国土空间规划管控作用，推进“多规合一”，切实加大生态系统保护力度，实施重要生态系统保护和修复工程，为保护和合理开发利用自然资源提供科学指引。进一步加强自然资源的保护和合理开发利用，加强森林、湿地监督管理的统筹协调，大力推进国土绿化，保障区域生态安全。加快自然保护地体系建设，推进自然保护地的清理规范和归并整合。建立健全源头保护和全过程修复治理相结合的工作机制，实现整体保护、系统修复、综合治理。创新激励约束并举的制度措施，推进自然资源节约集约利用。进一步精简下放有关行政审批事项、强化监管力度，充分发挥市场对资源配置的决定性作用，更好发挥政府作用，强化自然资源管理规则、标准、制度的约束性作用，推进自然资源确权登记和评估的便民高效。