区交通运输局设下列内设机构∶
（一）办公室。负责机关日常运转，承担宣传、信息、保密、信访、档案、资产管理、政务公开等工作;组织开展交通运输行业有关政策研究;承担重要文件与重要会议文稿的起草工作;组织拟订交通运输政策和规范性文件;负责交通运输行业体制改革和队伍建设;负责机关及所属事业单位的机构编制、干部人事和劳动工资等工作;承担机关及所属事业单位并指导交通运输行业人才、职称、职业资格和技能鉴定工作;承办机关及所属事业单位出国（境）报批和政审工作;负责机关及所属事业单位党群工作;负责离退休干部工作。
（二）法规科（行政服务科、运输管理科、市国防动员委员会交通战备办公室）。负责交通运输行业法治工作;承担规范性文件的合法性审查，承担行政执法监督、行政复议、行政应诉等工作;指导交通执法队伍建设，组织开展法制宣传教育;承担全市交通运输综合行政执法的协调管理工作;负责公路、航道、港口、海事、运输管理、建设管理、质量监督等交通运输行政许可工作，并限时办结;组织实施交通运输行政许可统一受理、统一审批、统一送达工作;负责推进全市交通运输“放管服”改革工作;负责拟订全市货物运输及交通物流业发展战略、规划、政策、标准并监督实施;负责交通物流市场管理工作;承担道路、水路货运、货运站、机动车维修、机动车驾驶员培训、营运车辆综合性能检测、汽车租赁、运输服务业等行业管理工作;负责交通运输从业人员资格管理工作;负责道路运输车辆技术管理工作;负责机动车维修质量纠纷调解工作;负责道路、水路货运、机动车维修、机动车驾驶员培训、营运车辆综合性能检测等行业信用管理工作;负责全市道路、水路、城乡客运发展和管理工作;负责客运枢纽的建设和管理;承担公共汽车、出租汽车、城际客运、客运站、水路客运等行业管理工作，指导综合运输体系建设;负责道路、水路、城市客运行业信用管理工作。指导并监督交通运输行业节能减排、新能源或清洁能源推广使用工作;负责全市国防交通战备动员工作。
（三）工程管理科（农村公路建设管理办公室）。组织拟订全市综合交通运输体系规划和公路、航道、港口等发展规划;参与拟订铁路规划;组织拟订城乡客运发展规划，参与城市客运有关设施的规划;组织拟订交通运输枢纽规划;指导相关专项规划编制;拟订交通运输行业发展战略、投资政策，参与拟订交通运输行业筹融资政策;组织拟订公路、铁路、航道、港口等建设的投资计划;负责交通运输行业统计分析和信息发布工作;承担交通运输利用外资和对外交流合作工作;承担交通工程建设项目前期管理工作;拟订交通工程建设质量发展目标和政策并组织实施;承担并指导交通建设市场监管，监督管理交通运输行业和产业项目招标投标工作;承担公路、水路建设、运营和维护的行业管理工作，负责交通建设工程实施阶段程序管理;组织和指导交通建设工程设计、施工、监理、定额造价、试验检测的监督管理;承担交通建设市场主体的信用管理;依法处理交通建设过程中利益关系人的投诉;组织拟订交通运输行业科技与信息化发展战略、规划和计划;组织实施交通运输行业重大科技项目攻关、创新技术引进开发和科技成果管理;指导协调交通运输行业信息化项目建设与管理;组织并指导交通运输行业标准计量、知识产权、技术交流、行业创新体系建设工作;指导并监督交通运输行业质量、技术工作;负责全市农村公路建设计划编制、资金拨付、安全管理、质量管控等工作。
（四）财务审计科。指导交通运输行业财务、会计和审计工作;参与拟订交通运输发展的资金筹集政策;提出有关财政、价格等政策建议;负责组织编报部门预决算;承担交通运输资金的申请、拨付、监管及会计核算工作;组织机关及所属事业单位开展内部审计并完善内部控制机制;指导监督机关及所属事业单位国有资产管理和政府采购工作。
（五）安全监督科（应急办公室）。组织拟订并监督实施公路、水路和港口安全生产政策和应急预案;负责公路、水路和港口安全生产综合监督;负责有关安全生产和应急处置体系建设，监督所属单位安全生产监管工作;依法组织或参与有关事故调查处理工作，监督事故查处的落实情况;承担公路、水路和港口突发公共事件应急管理工作。
（六）港口科。负责全市沿江沿海及内河港口发展、改革、管理工作;拟订全市港口发展政策和管理制度，统筹推进现代化港口体系建设和港口资源利用研究;负责全市港口岸线、陆域、水域管理和经营市场秩序监管;负责港口设施保安履约管理工作;负责指导航道、锚地、过驳区等公用基础设施管理工作;负责沿海港区引航行政管理;负责港口对外合作及港际交流;负责交通运输行业生态环保工作的政策制定、统筹协调和督促检查;指导和推进交通运输行业污染防治工作;依法组织或参与环境污染事件调查处理工作。
（七）铁路科。配合做好铁路项目的申报立项、勘测、设计等前期工作;配合做好铁路建设资金的筹措工作;协调全市境内铁路建设的征地拆迁;负责协调铁路建设过程中的矛盾和问题，协调处理铁路和地方建设关系;配合做好铁路运营方面的相关工作。