南通市海门区行政审批局主要职责是：
（一）负责全区政务服务综合管理和业务指导。拟订政务服务发展规划，制定全区政务服务管理规范性文件。
（二）负责全区“放管服”改革工作的统筹协调和组织实施。
（三）负责办理区级涉及市场准入、投资管理、规划审查、安全审查、工程许可等方面的行政审批事项，并承担相应的法律责任。
（四）负责规范全区行政审批和政务服务行为，建立和完善相应工作机制。负责组织政务服务事项流程优化、材料简化、时限压缩等工作，并对办理情况进行督办。组织区级政务服务事项集中受理办理。协调解决进入区政务服务大厅事项办理中出现的相关问题。
（五）负责区政务服务大厅的建设和管理，对各进驻部门、单位的政务服务行为进行监督检查，对窗口工作人员进行日常管理、教育培训和督查考核。负责区政务服务综合标准化建设工作。参与对实施行政审批涉及的中介服务行为进行监督。
（六）负责全区一体化在线政务服务平台设计规划、建设推进、统筹协调和监督指导等工作。负责拟订全区政务服务信息化建设发展规划、年度工作计划及实施方案。负责对全区政务服务“一张网”建设的技术指导、业务培训等工作。负责建设全区统一的“互联网+监管”平台，归集共享监管数据，维护监管系统和监管数据安全。
（七）负责对全区政务服务代办帮办工作的指导、管理和协调。负责推进区政务服务代办帮办平台一体化建设和整体联动。
（八）负责受理区政务服务相关投诉并按有关规定进行处理。
（九）负责全区政务服务体系建设，协调和指导区镇（街道）政务服务工作。
（十）完成区委、区政府交办的其他任务。
（十一）与区市场监督管理局的有关职责分工。区行政审批局负责全区内资有限公司及分公司、内资非公司企业法人、内资非法人企业、非公司私营企业及内资非公司企业分支机构、个体工商户、农民专业合作社及其分支机构的登记注册及药品零售、医疗器械经营的许可工作。区市场监督管理局负责对提交虚假材料或采取其他欺诈手段隐瞒重要事实取得公司登记等相关行政许可的行为进行调查处理，对需要撤销登记或许可的，建议区行政审批局作出撤销决定。